Οι κατακόμβες του Παρισιού έχουν τις ρίζες τους στα ρωμαϊκά λατομεία ασβεστόλιθου που βρίσκονταν στα περίχωρα της πόλης. Χάρη στην αφθονία του φυσικού αυτού πόρου, μπήκαν τα θεμέλια του Παρισιού και η πόλη γνώρισε ραγδαία ανάπτυξη. Η εξορυκτική δραστηριότητα συνεχιζόταν με αμείωτους ρυθμούς για πολλούς αιώνες.
Μόλις στα τέλη του 1700, τα λατομεία σταμάτησαν οριστικά τη λειτουργία τους. Ήταν η εποχή που τα νεκροταφεία της γαλλικής πρωτεύουσας είχαν γεμίσει ασφυκτικά και οι Παριζιάνοι χρειάζονταν νέους χώρους να θάβουν τους νεκρούς τους. Το πρόβλημα είχε πάρει τεράστια έκταση καθώς οι πρόχειρες ταφές και τα μισοθαμμένα πτώματα είχαν ως αποτέλεσμα τη διασπορά μίας αποπνικτικής δυσοσμίας σε ολόκληρη την πόλη. Ωστόσο, η πρόθεση του παλατιού να μετατοπίσει το νεκροταφείο εκτός πόλεως ερχόταν σε σύγκρουση με την Εκκλησία. Το γεγονός που ανάγκασε τον βασιλιά Λουδοβίκο να πάρει δραστικές αποφάσεις ήταν μία δυνατή πολυήμερη μπόρα την άνοιξη του 1780. Το μεγάλο νεκροταφείο της πόλης πλημμύρισε, μέρος του εξωτερικού τείχους κατεδαφίστηκε και η κεντρική παριζιάνικη γειτονιά γέμισε με οστά και αποσυντιθέμενα πτώματα.
Η λύση που πρότεινε το παλάτι ήταν η δημιουργία υπόγειων στοών, όπου θα μεταφέρονταν όλα τα κόκκαλα από τους τάφους της πρωτεύουσας. Τα πρώην λατομεία φάνταζαν ως ο ιδανικός τόπος. Αυτή τη φορά, η Εκκλησία δεν μπορούσε να φέρει αντιρρήσεις. Έτσι, το 1786 τελέστηκε ο επίσημος αγιασμός των παριζιάνικων κατακόμβων και ξεκίνησε η μεταφορά των οστών. Μετά την Γαλλική Επανάσταση, οι νεκροί θάβονταν πια κατευθείαν στις κατακόμβες.
Επί έναν αιώνα, γίνονταν διαρκώς έργα και ανακαινίσεις. Έτσι, παρότι τα πρώτα χρόνια οι κατακόμβες έμοιαζαν με ένα χαοτικό οστεοφυλάκιο, σταδιακά μετατράπηκαν σε ένα εντυπωσιακό μαυσωλείο. Μέχρι το 1860, οι στοές καταλάμβαναν έκταση 300 χιλιομέτρων και η είσοδος σε αυτές ήταν ελεύθερη σε όλους τους πολίτες.
Ο Louis-Étienne Héricart που είχε αναλάβει την επίβλεψη του έργου, έδωσε ιδιαίτερη βάση στη διακόσμηση. Αποφάσισε να χρησιμοποιήσει πολλά από τα κόκκαλα και τα κρανία για την επένδυση των τοίχων. Τα στοίβαξε προσεκτικά και ομοιόμορφα, ενώ με τα κρανία έφτιαξε διάφορα μοτίβα.
Μόλις στα τέλη του 1700, τα λατομεία σταμάτησαν οριστικά τη λειτουργία τους. Ήταν η εποχή που τα νεκροταφεία της γαλλικής πρωτεύουσας είχαν γεμίσει ασφυκτικά και οι Παριζιάνοι χρειάζονταν νέους χώρους να θάβουν τους νεκρούς τους. Το πρόβλημα είχε πάρει τεράστια έκταση καθώς οι πρόχειρες ταφές και τα μισοθαμμένα πτώματα είχαν ως αποτέλεσμα τη διασπορά μίας αποπνικτικής δυσοσμίας σε ολόκληρη την πόλη. Ωστόσο, η πρόθεση του παλατιού να μετατοπίσει το νεκροταφείο εκτός πόλεως ερχόταν σε σύγκρουση με την Εκκλησία. Το γεγονός που ανάγκασε τον βασιλιά Λουδοβίκο να πάρει δραστικές αποφάσεις ήταν μία δυνατή πολυήμερη μπόρα την άνοιξη του 1780. Το μεγάλο νεκροταφείο της πόλης πλημμύρισε, μέρος του εξωτερικού τείχους κατεδαφίστηκε και η κεντρική παριζιάνικη γειτονιά γέμισε με οστά και αποσυντιθέμενα πτώματα.
Η λύση που πρότεινε το παλάτι ήταν η δημιουργία υπόγειων στοών, όπου θα μεταφέρονταν όλα τα κόκκαλα από τους τάφους της πρωτεύουσας. Τα πρώην λατομεία φάνταζαν ως ο ιδανικός τόπος. Αυτή τη φορά, η Εκκλησία δεν μπορούσε να φέρει αντιρρήσεις. Έτσι, το 1786 τελέστηκε ο επίσημος αγιασμός των παριζιάνικων κατακόμβων και ξεκίνησε η μεταφορά των οστών. Μετά την Γαλλική Επανάσταση, οι νεκροί θάβονταν πια κατευθείαν στις κατακόμβες.
Επί έναν αιώνα, γίνονταν διαρκώς έργα και ανακαινίσεις. Έτσι, παρότι τα πρώτα χρόνια οι κατακόμβες έμοιαζαν με ένα χαοτικό οστεοφυλάκιο, σταδιακά μετατράπηκαν σε ένα εντυπωσιακό μαυσωλείο. Μέχρι το 1860, οι στοές καταλάμβαναν έκταση 300 χιλιομέτρων και η είσοδος σε αυτές ήταν ελεύθερη σε όλους τους πολίτες.
Ο Louis-Étienne Héricart που είχε αναλάβει την επίβλεψη του έργου, έδωσε ιδιαίτερη βάση στη διακόσμηση. Αποφάσισε να χρησιμοποιήσει πολλά από τα κόκκαλα και τα κρανία για την επένδυση των τοίχων. Τα στοίβαξε προσεκτικά και ομοιόμορφα, ενώ με τα κρανία έφτιαξε διάφορα μοτίβα.
