Σε ηλικία εννέα ετών, ο Μανώλης Μιχαλάκης πήρε τα πρώτα του μαθήματα στο μπουζούκι από το Γιώργο Πετρακόπουλο. Έχοντας ξεκινήσει την επαγγελματική του πορεία, σε ηλικία 16 χρονών συνεργάστηκε με τον δεξιοτέχνη και δάσκαλο του μπουζουκιού Νίκο Καρανικόλα, ο οποίος τον μύησε στη ρεμπέτικη και λαϊκή μουσική. Παράλληλα, συνέχισε τις σπουδές του στην κλασική κιθάρα καθώς και στη σύγχρονη μουσική στο Conservatorium του Σίδνεϋ Αυστραλίας.
Ερχόμενος στην Ελλάδα επηρεάστηκε σημαντικά από τον πιανίστα Μάρκο Αλεξίου με τον οποίο εμβάθυνε τις γνώσεις του στον αυτοσχεδιασμό της σύνθετης μουσικής. Με καθηγητή τον Γιώργο Καμπανά απέκτησε πτυχία στην Αρμονία και στην Αντίστιξη.
Η αγάπη που έτρεφε όμως για την ελληνική λαϊκή μουσική είχε σαν αποτέλεσμα τις γνώσεις που απέκτησε από τις σπουδές του να τις εκμεταλλευτεί και να τις εφαρμόσει στο μπουζούκι, δένοντας έτσι τα μουσικά χαρίσματα της κλασικής, της σύγχρονης και της λαϊκής μουσικής.
Κατά τη διάρκεια της επαγγελματικής του σταδιοδρομίας, ο Μανώλης Μιχαλάκης συνεργάστηκε με μεγάλους Έλληνες συνθέτες όπως Γ. Κατσαρό με τον οποίο είχε μακρόχρονη συνεργασία, Γ. Μαρκόπουλο, Γ. Χατζηνάσιο, Μ. Πλέσσα, Γ. Σπανό, Ν. Λαβράνο, Θ. Πολυκανδριώτη, και επίσης με τους ρεμπέτες Μ. Γενίτσαρη και Ν. Καρανικόλα. Συνεργάστηκε ακόμη με πολλούς Έλληνες τραγουδιστές όπως τον Τ. Βοσκόπουλο, τον Μ. Μητσιά, την Π. Παπαδοπούλου, τον Μ. Δημητριάδη, την Κ. Κούκα και άλλους.
Σταθμός στην καλλιτεχνική του διαδρομή αποτέλεσε η δεκαπενταετής συνεργασία του με την αείμνηστη Βίκυ Μοσχολιού.
Από το 2006, ως βασικός σολίστ της λαϊκής ορχήστρας Άννας Μπιθικώτση υπό τη διεύθυνση του συνθέτη και μαέστρου Νίκου Στρατηγού, ο Μανώλης Μιχαλάκης συμμετείχε στις μουσικές παραστάσεις - αφιερώματα για το μεγάλο Έλληνα ερμηνευτή Γρηγόρη Μπιθικώτση, αλλά και για κορυφαίους Έλληνες συνθέτες και ποιητές.
Ως καθηγητής κυρίως του μπουζουκιού και της κιθάρας, έχει διδάξει από το 1990 στα ωδεία Δήμου Καλλιθέας, «Φίλιππος Νάκας», «Νίκος Σκαλκώτας», «Πρωτοπορία», «Γ. Φακανάς», Δήμου Πεύκης, Δήμου Οινοφύτων και στη Φιλαρμονική Χαλκίδας. Από το 2001 και για τρία χρόνια διετέλεσε καθηγητής στο Τ.Ε.Ι Ηπείρου στο τμήμα Λαϊκής και Παραδοσιακής Μουσικής.
Έχει συμμετάσχει ως σολίστ στην Ορχήστρα Σύγχρονης Μουσικής της Ε.Ρ.Τ υπό τη διεύθυνση του μαέστρου Γ. Κατσαρού στο Ηρώδειο, όπως επίσης και στη Συμφωνική Ορχήστρα Δήμου Χαλκιδαίων σε συναυλίες στο Μέγαρο Μουσικής Αθηνών υπό τη διεύθυνση του μαέστρου Πέτρου Πρόκου.
Ως μουσικός εκτελεστής έχει πλούσια συμβολή στην ελληνική δισκογραφία, αλλά έχει καταθέσει δείγματα και ως συνθέτης, όπως το τραγούδι «Υπάρχουν και ψυχές», που ερμηνεύει η κόρη του, Χριστίνα Μιχαλάκη.
Η ασχολία του Μανώλη Μιχαλάκη με τη μουσική διδασκαλία, τον οδήγησε στη συγγραφή του βιβλίου «Λαϊκοί Μουσικοί Ορίζοντες». Η μέθοδος αυτή και η συγγραφή της αφιερώθηκε στην ιδέα πως η μουσική δεν γνωρίζει σύνορα.
Στον εκδοτικό οίκο «Φίλιππος Νάκας» κυκλοφορούν τα παρακάτω βιβλία για μπουζούκι, τζουρά και μπαγλαμά των οποίων η συγγραφή και επιμέλεια έχει γίνει από το Μανώλη Μιχαλάκη:
- Λαϊκοί Συνδυασμοί και Ταξίμια + cd
- Οι μεγάλοι του μπουζουκιού + cd
- Πώς θα μάθω μπουζούκι + cd
- Οι συγχορδίες στο μπουζούκι + cd
- 20 Ρεμπέτικα τραγούδια no1+ cd
- 20 Ρεμπέτικα τραγούδια no2 + cd
- Μάνος Χατζιδάκις no1
- Μάνος Χατζιδάκις no2
- Μίκης Θεοδωράκης
- Σταύρος Ξαρχάκος
- Μανώλης Χιώτης
- Γιώργος Ζαμπέτας
- Άκης Πάνου
- Θανάσης Πολυκανδριώτης
- Χρήστος Νικολόπουλος
- Μάνος Λοΐζος
- Μίμης Πλέσσας
Ερχόμενος στην Ελλάδα επηρεάστηκε σημαντικά από τον πιανίστα Μάρκο Αλεξίου με τον οποίο εμβάθυνε τις γνώσεις του στον αυτοσχεδιασμό της σύνθετης μουσικής. Με καθηγητή τον Γιώργο Καμπανά απέκτησε πτυχία στην Αρμονία και στην Αντίστιξη.
Η αγάπη που έτρεφε όμως για την ελληνική λαϊκή μουσική είχε σαν αποτέλεσμα τις γνώσεις που απέκτησε από τις σπουδές του να τις εκμεταλλευτεί και να τις εφαρμόσει στο μπουζούκι, δένοντας έτσι τα μουσικά χαρίσματα της κλασικής, της σύγχρονης και της λαϊκής μουσικής.
Κατά τη διάρκεια της επαγγελματικής του σταδιοδρομίας, ο Μανώλης Μιχαλάκης συνεργάστηκε με μεγάλους Έλληνες συνθέτες όπως Γ. Κατσαρό με τον οποίο είχε μακρόχρονη συνεργασία, Γ. Μαρκόπουλο, Γ. Χατζηνάσιο, Μ. Πλέσσα, Γ. Σπανό, Ν. Λαβράνο, Θ. Πολυκανδριώτη, και επίσης με τους ρεμπέτες Μ. Γενίτσαρη και Ν. Καρανικόλα. Συνεργάστηκε ακόμη με πολλούς Έλληνες τραγουδιστές όπως τον Τ. Βοσκόπουλο, τον Μ. Μητσιά, την Π. Παπαδοπούλου, τον Μ. Δημητριάδη, την Κ. Κούκα και άλλους.
Σταθμός στην καλλιτεχνική του διαδρομή αποτέλεσε η δεκαπενταετής συνεργασία του με την αείμνηστη Βίκυ Μοσχολιού.
Από το 2006, ως βασικός σολίστ της λαϊκής ορχήστρας Άννας Μπιθικώτση υπό τη διεύθυνση του συνθέτη και μαέστρου Νίκου Στρατηγού, ο Μανώλης Μιχαλάκης συμμετείχε στις μουσικές παραστάσεις - αφιερώματα για το μεγάλο Έλληνα ερμηνευτή Γρηγόρη Μπιθικώτση, αλλά και για κορυφαίους Έλληνες συνθέτες και ποιητές.
Ως καθηγητής κυρίως του μπουζουκιού και της κιθάρας, έχει διδάξει από το 1990 στα ωδεία Δήμου Καλλιθέας, «Φίλιππος Νάκας», «Νίκος Σκαλκώτας», «Πρωτοπορία», «Γ. Φακανάς», Δήμου Πεύκης, Δήμου Οινοφύτων και στη Φιλαρμονική Χαλκίδας. Από το 2001 και για τρία χρόνια διετέλεσε καθηγητής στο Τ.Ε.Ι Ηπείρου στο τμήμα Λαϊκής και Παραδοσιακής Μουσικής.
Έχει συμμετάσχει ως σολίστ στην Ορχήστρα Σύγχρονης Μουσικής της Ε.Ρ.Τ υπό τη διεύθυνση του μαέστρου Γ. Κατσαρού στο Ηρώδειο, όπως επίσης και στη Συμφωνική Ορχήστρα Δήμου Χαλκιδαίων σε συναυλίες στο Μέγαρο Μουσικής Αθηνών υπό τη διεύθυνση του μαέστρου Πέτρου Πρόκου.
Ως μουσικός εκτελεστής έχει πλούσια συμβολή στην ελληνική δισκογραφία, αλλά έχει καταθέσει δείγματα και ως συνθέτης, όπως το τραγούδι «Υπάρχουν και ψυχές», που ερμηνεύει η κόρη του, Χριστίνα Μιχαλάκη.
Η ασχολία του Μανώλη Μιχαλάκη με τη μουσική διδασκαλία, τον οδήγησε στη συγγραφή του βιβλίου «Λαϊκοί Μουσικοί Ορίζοντες». Η μέθοδος αυτή και η συγγραφή της αφιερώθηκε στην ιδέα πως η μουσική δεν γνωρίζει σύνορα.
Στον εκδοτικό οίκο «Φίλιππος Νάκας» κυκλοφορούν τα παρακάτω βιβλία για μπουζούκι, τζουρά και μπαγλαμά των οποίων η συγγραφή και επιμέλεια έχει γίνει από το Μανώλη Μιχαλάκη:
- Λαϊκοί Συνδυασμοί και Ταξίμια + cd
- Οι μεγάλοι του μπουζουκιού + cd
- Πώς θα μάθω μπουζούκι + cd
- Οι συγχορδίες στο μπουζούκι + cd
- 20 Ρεμπέτικα τραγούδια no1+ cd
- 20 Ρεμπέτικα τραγούδια no2 + cd
- Μάνος Χατζιδάκις no1
- Μάνος Χατζιδάκις no2
- Μίκης Θεοδωράκης
- Σταύρος Ξαρχάκος
- Μανώλης Χιώτης
- Γιώργος Ζαμπέτας
- Άκης Πάνου
- Θανάσης Πολυκανδριώτης
- Χρήστος Νικολόπουλος
- Μάνος Λοΐζος
- Μίμης Πλέσσας
